Есть ли факторы, которые поворачивают страну в сторону преобладания атеизма, помимо процветания и уровня развития науки?

Есть. Например, правовая система страны. Думаю, понятно, что, допустим, шариат страну к атеизму навряд ли повернёт. А, вот, либеральная система способствовать такому повороту вполне может. Я бы даже сказал, что государственный строй и вообще власть прежде наук и процветания будет или может на это влиять. Можно сюда добавить ещё качество и доступность образования и медицины, если вы конечно уже не включили их в "развитие науки" или "процветание". Там, где с образованием туго, атеизм обычно мало распространён.  Наверное, можно ещё много факторов откопать при желании.