Неквалифицированную - да. В личном кабинете. Там же можно выбрать место ее хранения или загрузить свою, квалифицированную, выпущенную платно удостоверяющим центром.
ps. Кстати, был недавно в МФЦ и там лежат у каждого инспектора флаеры с предложением бесплатной КЭЦП но только для юрлиц. КЭЦП нельзя получить онлайн в силу требования предъявления паспорта и фотографии с развёрнутым удостоверением личности.
На сайте - нет. А вот в отдельных подразделениях такая услуга действительно оказывается. Перечень подразделений - на сайте налоговой.
Например, в Москве ЭЦП можно сделать в ИФНС 46