Сам по себе стабильный (постоянный) дефицит чего угодно на стабильность не влияет никак, в отличие от дефицита краткосрочного, типа особо жаркого года или дефицита, организованного специально, например посредством прекращения у местного населения права пользоваться источником воды, посредством его приватизации либо и вовсе в следствие войны.
Дефицит, возникший в результате недостатка дождей, обыкновенно людям, проживающим в соответствующей местности привычен, то есть он станет раздражающим фактором, но не критично, то есть речь идёт о дефиците воды, возникшем в результате деятельности человека.
Вывод: да такой дефицит воды может стать большой угрозой стабильности Ближнего Востока, это безусловно будет организованный дефицит, то есть легкопрогнозируемый.