А почему бы и нет!
Пока будем отвергать данную возможность, то конечно нельзя изобрести.
Атом ведь это аналоговый объект, а значит для него возможно оказание аналоговых воздействий (нагреть/остудить, поменять моменты/спин, орбиты у электронов и многое другое), а значит в сумме у атома огромное множество состояний, и бесконечное количество состояний при погружении на кварковый уровень. Возможно атом реагирует на другую аналоговую информацию, т.к. Речь, Музыка, Изображение или на Мысли. Основная сложность в качественном изоляции отдельного атома от окружающей вселенной, иначе наводки неизбежны, а значит вычисления будут неконтролируемыми.
Главное не уничтожить в процессе Солнечную систему или Землю (а то при уничтожении атома и всего из чего он состоит высвободится огромное количество энергии).