Экономия денег и времени производства. Манга в Японии изначально печатается в по одной главе в журналах-альманахах, которые насчитывают более сотни страниц, и только потом в отдельных томах под своим названием. Бумага в таких журналах ужасного качества и постоянно перерабатывается по кругу. В Японии не принято коллекционировать такие журналы. Люди читают их и сразу выбрасывают. Иногда это происходит за одно утро по дороге в школу/на работу. Поэтому никто не видит смысла делать их слишком красивыми или качественными.
Таких журналов печатается великое множество, и ни одни автор не хочет потерять свое место на их страницах. Поэтому новые главы надо поставлять регулярно. А отсутствие этапа покраски способствует скорости производства.
Но если манга становится популярна, то позже она может получить переиздание в цвете. Так, например, было со знаменитой серией Dragon Ball. Но это скорее было сделано, чтобы заставить фанатов купить все тома манги во второй раз.
Сами японцы давно привыкли к чёрно-белом виду манги и уже не задумываются почему она такая. Так что это можно даже считать традицией, а в Японии традиции очень любят. Однако, растущая популярность корейских вэбтунов (комиксов для телефонов) в Азии может что-то изменить в будущем, потому что они-то все в цвете.