Если кратко и объективно, то основной причиной является экономия времени и средств для печати.
В цвете, как правило, рисуются только обложки и отдельные иллюстрации. Большая часть манги — это сериалы с продолжением, печатающиеся в газетах или, гораздо чаще, в еженедельных или ежемесячных журналах. Обычный объем таких сериалов в журналах — 15-20 страниц. Чтобы укладываться в график выпуска новых глав, художникам необходимо рисовать их быстро, а для выпуска цветных глав затрачивается гораздо больше времени.
К тому же, цветная печать подразумевает и повышенную стоимость журнала, что непременно скажется на спросе и продажах.
Если копнуть чуть глубже, то есть ещё один фактор — история и вытекающие из неё традиции.
Во время Второй мировой войны манга служила пропагандистским элементом, а её финансирование велось государством. В те времена она печаталась на хорошей бумаге и в цвете. После окончания войны, ей на смену пришла другая манга с независимым авторским сюжетом. В силу того, что издавалась она силами авторов, её печатали на самой дешёвой бумаге в чёрно-белом виде. Тем не менее, многочисленные технические недостатки не помешали новорождённой печатной продукции стать популярной, а в некотором смысле ещё и помогли, ведь благодаря дешевизне печати, газеты с мангой продавались за бесценок.
Именно в те времена основоположник аниме- и манга-индустрии Осаму Тэдзука заложил основы, во многом позаимствованные у западных комиксов и мультипликации. По его стопам пошло следующее поколение мангак, которые переняли у него как приёмы рисования, так и технологию издательства.
В наше время, конечно, выпускают мангу целиком в цвете, но это зачастую касается лишь небольших произведений (ваншоты, однотомники).