Здесь есть несколько подходов:
1) Сочиняется последовательность аккордов. Дальше эти аккорды раскладываются на инструменты. Для отдельных инструментов на основе аккордов сочиняется мелодия, контрапункта. Дальше смешать, но не взбалтывать.
2) Для каждого инструмента сочиняется своя линия. При этом берётся какой-нибудь основной инструмент, для него сочиняется основная тема с вариациями, а дальше по мере важности основных инструментов, для них сочиняются вспомогательные и поддерживающие линии.
Процесс ещё зависит и от того, в каком жанре пишется музыка. Если говорить, например, про оркестровые саундтрэки, то чаще, пожалуй, идут от аккордов. Часто от аккордов идут и в поп-музыке. А в электронной музыке, например, достаточно часто идут от линии для баса.