Некоторую наводку дает нам история появления Энакина Скайокера. Как известно, его предки не обладали сверхъестественными способностями, и он "самозародился" в организме своей матери под воздействием мидихлорианов. В то же время его дети обладают такими способностями. Это говорит нам о двух моментах:
возможно появление ребенка с необычными способностями в обычной семье, в случае если редкое стечение обстоятельтв приводит к "выходу силы" в физический мир;
предрасположенность к тому, чтобы стать местом концентрации этой энергии и обладать магическими способностями передаётся генетически.
Поскольку Энакин жил "давным-давно, в далёкой галактике", то есть вероятность, что к моменту появления Гермионы, суперспособности (как естественный природный механизм, действующий во всей вселенной) так же трансформировались, эволюционировали и теперь представляют описанную в саге о Гарри Поттере магию. Так что далеким предком Гермионы мог быть Дарт Вейдер. Или она является новым сосредоточением силы.
Зато это подробно рассмотрел Элиезер Юдковский в фанфике "Гарри Поттер и методы рационального мышления", конкретные размышления идут в 25 главе, но я советую прочесть всю книгу целиком:
У наших детей и внуков ещё не все потерянно))
А, где сказано, что они - её биологические родители? Может удочерена? Родилась-то во времена, когда Волдеморт с прихлебателями пачками людей на тот свет отправляли. Другой вариант неприличнее: может папе провериться на наличие рогов?