Если Вы приобрели квартиру по договорам долевого участия, инвестирования или уступки права требования, то срок владения исчисляется с даты регистрации права собственности на квартиру.
При этом важно отметить, что в данном случае (в отличие от момента возникновения права на имущественный вычет при покупке жилья) дата подписания акта приема-передачи квартиры с застройщиком значения не имеет (Письма Минфина России от 14.02.2013 N 03-04-05/9-103, от 15.11.2012 N 03-04-05/9-1315).
Пример: В 2013 году Петров А.Л. заключил договор долевого участия на строительство квартиры, в 2014 году квартира была сдана и Петров подписал акт приема-передачи квартиры. Зарегистрировал собственность Петров лишь в 2016 году. В 2018 году Петров продал квартиру. Срок владения квартирой на момент продажи составил менее 3х лет (так как он исчисляется с даты регистрации права собственности на квартиру).
Также на всякий случай почитайте про взыскание неустойки с застройщика https://www.maxpravo.ru/development-ddu.html
Теперь стало понятно, как налоговый вычет оформить.