Странно, что этот вопрос отнесён к медицине. То есть подразумевает более жесткий отбор ответов, чем, например, про сахара или жиры...
Как основатель сети пекарен, могу сказать, что бездрожжевым хлебом у нас любят называть хлеб на закваске. Закваска - это симбиоз дрожжевых и молочнокислых организмов. Может содержать именно тот же штамм дрожжей, что и так называемые промышленные дрожжи.
Реально бездрожжевой хлеб это тонкий лаваш и маца.
Считаю, что если у вас нет пищевой аллергии на дрожжи (не выдуманной по моде, а реальной, типа вы задыхаетесь, если кусочек хлеба сьели), то разницы нет.