Денис, наверное, всё-таки речь не о полном погашении (тогда ипотечный кредит закроется), а о частичном досрочном. Средства маткапитала целево пойдут на оплату ипотеки. Оставшийся долг вы можете рефинансировать в другом банке, если посчитаете это выгодным. Или вы можете сначала рефинансировать кредит, а потом воспользоваться маткапиталом. Нужно делать расчёт, чтобы увидеть размер переплаты. Также многое зависит от срока, который вы уже обслуживаете кредит. Чем он меньше, тем более выгодно рефинансирование по ставке ниже текущей.
Конечно, вы можете рефинансировать ипотеку, на частичное погашение которой использовали материнский капитал. Есть нюансы по сделкам в разных банках, но в целом это возможно.