Добрый день, переделать что-то уже нельзя.
Обращать внимание и верно составлять документы должны не Вы, а прежде всего продавец, который занижал стоимость договора-купли продажи.
По закону необходимо платить 13% от прибыли полученной по продаже недвижимости, и узнать о данной прибыли ФНС может не только из расписки, а по выпискам, платежам и кол-ве средств на счете.