Если речь про коммерческие сайты, то база - это структура, оптимизация, перелинковка, техническая часть. Далее нужно работать над коммерческими и поведенческими факторами, причем улучшать их необходимо в рамках правил поисковых систем. То есть за счет постоянно анализа и улучшения сайта. Поиска решений, которые будут наилучшим образом отвечать на запросы пользователей.