Как создать правдоподобное название города?

Зависит от смысла, который вы стремитесь донести до читателя в своем произведении. Известно, что писатель - это тот еще шифровальщик. Через имена или их отсутствие, наименование городов и станций, стран, галактик, человек показывает свою философию и картину мира, свои идеи и психологию. Причем не каким-то абстрактным читателям, а кому-то конкретно. Возьмите для примера часто упоминающийся здесь на Кью роман "Трудно быть богом" - многие критики уверены что борьба между прогрессистами и доном Рэбой (Берией?) - это зашифрованное послание будущим диссидентствующим умам в надежде (наверное) на утверждение мира, очень похожего на мир современной России. Роман этот мне не нравится, там слишком много штампов, но тем не менее. Все шифровки имели определенный логический смысл.

Хорошо если этот смысл - логический. Знаю одну писательницу, у которой "шифровалось само собой, интуитивно и как пойдет", в результате она с горьким удивлением обнаружила, что ее расшифровали неправильно и обиделись. Причем расстроила она тех, о ком и думать не вспоминала. Пошла к психологу, и тот гипнозом выведал, что хоть она и не вспоминала, но так распахнула чакры бессознательного, что из его недр попёрло. И попёрло как раз в ту сторону, о которой она и думать не вспоминала. Почему? Никто не знает, а она - особенно.

После этого она уверовала в Бога и Сатану, причем во второго как-то более обстоятельно. А первый был обязательно нужен, чтобы противостоять "обстоятельному". Как с ума не сошла - никто не знает, и она - особенно. Затем она очень долго боялась писать, вернее, боялась что опять попрёт. А делов-то всего надо было: научиться контролировать содержания не только сознания. Но и того, о чем писали Фрейд, Юнг и Гроф (отчасти).

Какую идею несет ваш роман (повесть?), до кого вы хотите достучаться, что хотите доказать, не доказывая, но показывая, но "вживляя" читателя в ваши образы, события, характеры, парадоксы, города и вселенные?

Если у вас есть такой читатель (читатели), если у вас есть четко понимаемая вами самим идея, то и с шифрами проблем не будет - это придет само по себе в процессе творчества. Если же есть проблемы с именами, то значит, еще сыровата идея. И над ней надо поработать, продумать ее, "отпереживать", понять, какое значение она имеет для вас лично. Только после этого будет понятен ее социальный вес и необходимая для его усиления атрибутика.