Я в целом не уверен, что собирать паззл в середине сюжета так уж интересно, но раз уж он там есть - почему это каждый раз либо, в самом деле, паззл, либо пятнашки, либо что-то в этом духе.
Второй разворот вопроса: вроде бы цифровое пространство, пространство игры должны предоставлять нам огромные возможности - но все, чем мы пользуемся, есть не более чем переложения нецифровых игр. Пятнашки существовали задолго до наших нынешних возможностей, но что-то оригинальнее можно встретить в одном на тысячу случае типа Portal.
Иными словами, почему, с одной стороны, головоломки в играх в массе настолько банальные, а с другой - почему они почти всегда воспроизводят головоломки из реального, не цифрового мира?
Почти все игровые механики переносятся из реальной жизни: бег, стрельба, строительство, менеджмент, выращивание, езда на лошадях, собирательство, прыжки и тд и тп. Все они понятны нам по механике: что за чем должно идти и как это должно работать. Отчасти в этом и есть причина классических головоломок. Просто потому, что гейм-дизайнеры понимают, как их спроектировать, а программисты - как запрограммировать.
Разработка игр - это итак довольно сложный процесс, поэтому иногда у игровых студий просто не хватает ресурсов создавать необычные механики, тестировать их и переделывать в удобоваримую головоломку.
Хотя кроме Portal есть и другие игры с интересными загадами. Например, Machinarium, Warp, The Turing test, Stacking, ilomilo и тд. Даже в Uncharted 3 и 4 присутствуют довольно интересные решения головоломок. Все, конечно, зависит от разработчиков. В большинстве случаев, причина банальных загадок в игре - это отсутствие нужных ресурсов.