Я в целом не уверен, что собирать паззл в середине сюжета так уж интересно, но раз уж он там есть - почему это каждый раз либо, в самом деле, паззл, либо пятнашки, либо что-то в этом духе.
Второй разворот вопроса: вроде бы цифровое пространство, пространство игры должны предоставлять нам огромные возможности - но все, чем мы пользуемся, есть не более чем переложения нецифровых игр. Пятнашки существовали задолго до наших нынешних возможностей, но что-то оригинальнее можно встретить в одном на тысячу случае типа Portal.
Иными словами, почему, с одной стороны, головоломки в играх в массе настолько банальные, а с другой - почему они почти всегда воспроизводят головоломки из реального, не цифрового мира?
Я бы сказал, что причины тут две:
И каждый пункт я бы рассмотрел по подробнее.
Если мы говорим о нехватке ресурсов, то тут, как и было сказано в ответе Оксаны, ноги могут расти банально из того, что у команды не хватит рук или сил для создания, тестирования и полировки сложных и оригинальных механик. А может не хватать и более абстрактного ресурса: опыта и знаний. Гейм-дизайнер может быть просто не достаточно хорош в придумывании чего-то подобного и просчёте его баланса. Поэтому он делает то, что умеет хорошо и что ему более понятно.
Что же касается намеренного допущения в угоду игровому процессу: любая головоломка - это отдельная часть игрового цикла. Она должна входить в него гармонично и логично, не выпадая из общего течения. Если у вас, скажем, игра а ля Анчартед, то вы должны осознавать, что слишком сложные головоломки попросту сломают весь геймплей. Это игра не при них.
Человек бегает, прыгает, стреляет по врагам, получает немного гормонов радости, потом у него погодя, он слегка напрягается и вот момент, когда нужно решить головоломку. Это нюанс включён в геймплей именно в тот момент когда он нужен, чтобы дать игроку передышку от экшна и просто дать насладиться происходящим. Слегка напрягаем головной мозг вместо спинного и вуоля: лучший отдых - это смена деятельности.
Что же будет, если загадка окажется сложной и оригинальной?
Человек просто выпадет из повествования, из состояния потока. Ему придётся не слегка переключиться между мозгами, а основательно напрячь голову. Ему это не понравится. Он решит загадку, скажет: "ну охренеть теперь". Сохранится и выйдет, пойдёт пить кофе и смотреть сериальчики.
Если же ваша игра про головоломки, как то машинариум или Портал, тогда тут совершенного другая история, здесь из состояния потока выбьют как раз слишком лёгкие задачи. Вы привыкаете, что каждая новая комната даёт вам какой-то вызов. Иногда новые механики, иногда заставляет использовать старые в новом свете. Если вам этого не дадут, вы почувствуете подвох. Иногда так нужно делать, опять-таки, чтобы дать игроку перерыв, но это нужно делать аккуратно, а не после сложнейшей головоломки сказать: "нажмите кнопочку пожалуйста. Спасибо! Вы молодец, задача решена!".
Подводя итоги: я бы поставил на вторую причину. Мне кажется она больше похожа на правду в реалиях серьёзного проекта.