Мутации в последовательности вируса появляются при его размножении в клетке. Не важно, РНК-овый или ДНКовый это вирус, его генетический материал припопадании в клетку будет проходить через механизм репликации, или удвоения. Этот процесс происходит с помощью ферментов, а эти ферменты делают ошибки. То есть, они копируют генетический материал неточно, отсюда и мутации. Получается, чем чаще вирус передается, тем чаще его геном умножается, тем чаще там возникают новые мутации.