Если считать, что способности у двух выпускников из МГУ и МухосрГУ одинаковые, и время учёбы они провели с одинаковой пользой - у выпускника последнего будет меньше возможностей при выборе первой работы (скажем год-два). Но со временем разница сгладится и исчезнет.
Другое дело, что хороший универ, во-первых, отбирает самых лучших, во-вторых, не даёт им лениться, распивать пивко и тусить. Так что в среднем, выпускник "ноунейма" и менее способный, и меньшему научился. Но если иметь самодисциплину, это не так страшно.