В какую инстанцию жаловаться на подделку подписи в трудовом договоре и в заявлении об отпуске за свой счет?

Статья 327 УК РФ 1. Подделка официального документа, предоставляющего права или освобождающего от обязанностей, в целях его использования.

Ваши доводы необходимо подкреплять заключением независимого эксперта-почерковеда, который установит, что подписи на ключевых документах выполнены не Вами, а другим лицом.

После обращаться в полицию, а лучше в прокуратуру, с заявлением, к которому приложите заключение, как подтверждающие позицию доводы.