https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4987404/ Здесь исследовались андрофильные и гинекофильные трансгендеры до и во время ЗГТ.
Если очень коротко, то у транс-людей мозг отличается как от цис-мужского мозга, так и от цис-женского. Больше отличий в правом полушарии у правшей. На ЗГТ мозг изменяется в сторону ощущаемого гендера.