Вы нигде не ошиблись. Собственно, вам верно написали — это в последнюю очередь связано с воспитанием. Даже так — то, что дочь Вам это сказала, это скорее жирный плюс, она Вам доверяет.
Что делать? Да особо ничего тут делать не надо. Она не беременна и вряд ли забеременеет внезапно, так что впереди не маячит суровый быт молодой семьи с браком "по залёту". Вероятность подцепить какую-либо заразу тоже сильно меньше, чем в гетеросексуальных отношениях — хотя и не нулевая. Про риски насилия в отношениях, что девушка будет бить или издеваться — тут сказать сложно, но женщины по крайней мере реже злоупотребляют спиртным. В армию спутницу вашей дочери не призовут, так что и тут скорее поводов для беспокойства меньше, чем если бы она пришла с молодым парнем. Право слово, если бы у Вашей дочери был, например, роман с Колей "Кирпичом" (две ходки по ст. 105 УК РФ) или там с набожным Батыром (который хочет её второй женой, благо Коран позволяет) — было бы вряд ли лучше.
Возможно — даже "скорее всего", а не "возможно" — это не отношения на всю жизнь. Может, потом будут и гетеросексуальные, такое тоже бывает. Может, и не будет — но в общем-то женской паре никто не мешает воспользоваться донорской спермой и зачать ребёнка, поэтому вопрос "а как же внуки?" тоже для Вас не закрыт насовсем.
То есть в этой ситуации есть ряд своих положительных сторон.