Для Яндекса не имеет значения, как сверстан сайт (вручную или при помощи CMS), однако, готовые платформы ограничивают Ваши действия своим шаблоном. Если у Вас крупный интернет-магазин, в котором большее 100 тысяч страниц, то разумнее разрабатывать сайт с нуля (так проще интегрировать свои собственные web-разработки), но для блога или сайтов с небольшим набором услуг вполне подойдет и Вордпресс. Для данной ЦМС есть удобный плагин для управления метатегами, каноническими ссылками, прописывания микроразметки и прочего -
Yoast SEO.