Чеклистами не пользуюсь: это удобный инструмент для контроля работы джунов в студиях и агентствах, способ убедиться, что начинающий специалист ничего не упустит. Других смыслов там нет.
В принципе идея брать чужие чеклисты, кмк, ошибочна. Надо понимать не только ЧТО смотреть, но и как и для чего, и что потом с этими данными делать.
В остальном же всё зависит от типа аудита и задач.
Можно ли всё это шаблонизировать? - Можно и нужно, но лишь для выстраивания цепочки дальнейших тестов и проверок. Пример: выгружаем список открытых для индексации страниц сайта, а также количество проиндексированного в ПС. Видим большой разброс? - Вот и причина проверить доступность для ботов и наличие фильтров. Без локализации потенциальной проблемы явно не стоило бы тратить время на углубленный анализ логов, парсинг с рендерингом JS и т.п.