Здравствуйте!
Если субдомен скажем в рамках одного проекта и управляется из одной админки сайта, например интернет магазин, то конечно вам стоит установить коды счетчиков с основного домена. Так будет проще отслеживать результат не переключаясь в другие аккаунты счетчиков. Разделить же данные по входящему url можно штатными средствами отчетов метрики и аналитикса.
В случаях когда субдомен это совершенно другой ресурс или проект конечно требуется установка своих отдельных кодов метрики, аналитикса.