Если сайт не только что созданный, а существует, к примеру, более года, то ничего делать не нужно. Встряска конечно будет, но вскоре все станет на свои места.
В результате все плохие ссылки будут оказывать нейтральное действие, а через время и вовсе могут исчезнуть.