Как по вашему мнению лучше всего мотивировать SEO специалиста?

Мотивация любого специалиста индивидуальна.

На мой взгляд, это может быть:

• личная мотивация руководителя и качество взаимоотношений,
• количественно-качественные показатели (рост посещаемости сайта, % отказов, качество трафика и т.п.)
• карьерные возможности, если специалист начинающий (junior) пройдя качественный рост в компании через 1 год или 2 может стать middle, далее senior и этому есть примеры среди коллег, что является нормальной практикой в компании.
• привязка к результату. Т.е. прямая привязка его деятельности к результатам. Например, клиент готов платить по 100к/мес за SEO + % или фикс за рост посещаемости сайта, превышающий стартовые показатели.
• тонкая мотивация - оценка результатов руководителем компании, внимание к успехам специалиста, нематериальное поощрение и т.д.

Всегда можно найти подход. Только надо знать, что в итоге движет человеком, который работает в компании: деньги, карьера, самореализация, власть, процесс, результат, профессиональный рост, коллектив, условия труда и т.д. Если найти эти стимулы и ценности, тогда вы уже на 99% нашли эту мотивацию.