Отдельные метрики делать нет смысла, например, у вас 90 сайтов на поддоменах по городам. Создание такого количества метрик займёт много времени и не имеет смысла, так как аналитику можно собирать одним счётчиком на всех поддоменах.
Но для каждого поддомена обязательно нужно добавить сайт в webmaster.yandex.ru.
Желательно на каждый сайт разместить свой адрес, можно использовать адреса пунктов выдачи СДЕК или подобных.
Так же важно в тайтлах и заголовках H1 обязательно сделать приписку с название города. Это позволит Яндексу не посчитать все сайты дублями.
Так же в Яндекс Справочнике можно для каждого поддомена создать online организацию без адреса, но с привязкой к региону.