Принципиальное отличие в Рутокен ЭЦП 2.0» и JaCarta Se 2.0 от Рутокен Lite в том, что первых двух встроена СКЗИ (раздел ГОСТ)+ раздел PKI. В Рутокене Lite - только раздел PKI.
Вы этом разделе - ГОСТ, ключ ЭЦП создаётся и в нём и живёт. Что обеспечивает высокую степень защищённости самого ключа. Т.е. его нельзя скопировать.
Рутокен ЭЦП 2.0 и JaCarta Se 2.0 (а нынче уже и Рутокен ЭЦП 3.0) используются всё чаще. Первое массовое применение таких токенов можно наблюдать во взаимодействии с ЕГАИС (алкоголь)