Возможно, как Христос был инструментом Бога, так и змей был инструментом Сатаны. Сатана установил связь со змеем и подсказывал ему какие действия следует осуществлять.
В Библии сказано что "змей был самым хитрым из зверей полевых". Видимо, это качество повлияло на выбор Сатаны - ведь надо было убедить Еву чтобы она нарушила запрет.
Вообще, чем дальше от нас время повествования, тем сложнее понимать написанное в Библии. Прежде всего - Бытие и Откровение. Там многое сказано не прямо, а метафорически.