Причин несколько. Даже не говоря о том, что по правилам пистолеты перезаряжают вплоть до того, как кто-нибудь попадёт, дворяне не для того приходили на дуэли, чтобы стрелять в воздух. По глупости или нет состоялась схватка, но на ней ты защищаешь честь, не хочешь стрелять - мирись. Даже равнодушный к процессу граф из "Выстрела" сделал этот самый выстрел. С другой стороны, Вас может интересовать, зачем было именно убивать Ленского. На этот вопрос авторитетно ответил Лотман.
Так как дуэли не были редкостью, то все тонкости были известны каждому дворянину не по опыту, так понаслышке. Если дуэлянту было принципиально убить, он метил в голову или конкретно в висок: мгновенная смерть, красиво, благородно и без мучений. Поэтому-то и говорят "прикрыться" Безухову на дуэли с Долоховым, т.е. встать боком и закрыть висок пистолетом. Если же хотели закончить дуэль с минимумом последствий, целили в бедро. Так как обычно договаривались стреляться "до крови", т.е. не прекращать, пока кто-нибудь не попадёт, то попадание в "ляжку" считалось самым безболезненным способом закончить схватку: попасть реально, заживёт легко.
Обратимся к тексту. Онегин сразу выстрелил, как только Владимир стал целиться. Очевидно, не выдержали нервы. При этом попадает Онегин в живот ("под грудь"). Очевидно, он целился не в висок. Скорее всего, Евгений до последнего был уверен, что всё само собой обойдётся, и Ленский стал жертвой его самонадеянности.
Что значит зачем? Почему - вот вопрос! Потому что у Онегина не было выбора. Тот, кто внимательно читал ЕО, тот знает, что Ленский был намерен убить Онегина. Вряд ли кто-то на его месте поступил бы иначе.