Дань традиции. Раньше бутылки выдувались вручную, а выемка образовывалась от упора, на которую ставилась расплавленная стеклянная масса. Еще углубление играло роль ребра жесткости. Сейчас технологический процесс упростился, да и стекло стало прочнее, но выемка на некоторых бутылках осталась.
А еще осадок собирается в углублениях и задерживается в них, при разливе в бокалы.