Верующий учёный — тоже учёный?

Имхо. Ученный - всегда агностик. Это не мешает ему быть либо верующим, либо атеистом. Он признает, что бытие Бога нельзя ни доказать, ни опровергнуть. И в своей работе исходит из того, что это неизвестно.

А верить или не верить это дело его свободного выбора. Вера и религия обращены к индивидууму и таким образом не пересекаются с наукой, интересующейся глобальными закономерностями. За исключением, пожалуй, психологии. Психолгия также интересуется индивидуумом.

Но так, как психология сформировалась в рамках научного метода, ученный-психолог, действует в той же логике научно установленных фактов. Однако, фактом является и то, что религия демонстрирует не менее впечатляющие результаты духовного воздействия, чем психология. Поэтому, собственно научный подход, не отвергает признания религиозных практик в области психики. То есть, хотя эти области и пересекаются, но не вступают в противоречие. Тут у у ученного - атеиста не меньше причин допустить когнитивную ошибку, отрицая, к примеру, эффект медитации или сеанса психоанализа, построенного, если задуматься, на тех же принципах, что и исповедь.