Люди в Министерстве не обязательно там работают. Это могут быть посетители или те, кто явился на слушание. И в Хогвартсе намного больше учеников. Роулинг же не должна была описывать всех поголовно. Сами посчитайте - 4 факультета и 7 курсов. Это явно больше названного вами числа. И не забывайте про волшебников, которые решили не учиться по тем или иным причинам, пример тому семья матери Тома Реддла - Марволо, кажется.
И другие школы в других странах. В Фантастических тварях много сюжетных ляпов, но зато нам явно продемонстрировали Министерство м волшебное общество другой страны, коих, как можно предположить, в мире много. В книгах не раз упоминались дальние страны и другие волшебные, так сказать, нации. Вспомните хотя бы Кубок по квиддичу. Там были сотри тысяч волшебников из разных уголков мира, и это только те, кто смог приехать.
А в Англии есть ещё школы?