Современные писатели пишут (то есть записывают тексты своих историй) как в обычных текстовых редакторах, так и в специальных программах - типа yWriter, Scrivener и др (они хороши наличие карточек сюжетов, удобством перетаскивания глав, наличием отдельных полей/справочников для персонажей/мест и тд). Есть и различные писательские приложения для гаджетов, в том числе он-лайн с синхронизацией на разных устройствах (мобильность для современного писателя важна).
А вот при выкладки текста дальше (издателю или в инет) - может быть что угодно, зависит от требований принимающей стороны. На многих площадках самиздата (Автор.тудей, Продаман и тд) свои встроенные редакторы - автор просто копирует туда текст, который обычно потом форматируется по умолчанию.
Если нужно в печать отдать - то у каждого издателя могут быть свои требования (если этим вообще автор занимается, во многих случаях писателя к верстке текста даже не подпускают)