Мне кажется, зависит от первой части. "-логию" содержат те слова, у которых и первый корень греческий. "-ведение" чаще те, у которых русский корень, например.
Как вариант, также, "-логии" - зачастую более широкие, фундаментальные науки. Политология, археология, социология, антропология, филология, и т.д.
Те, что содержат "-ведение" - более узкие. Страноведение, краеведение, регионоведение - как части географии.
Часто "-ведения" - это теснее связанные со специальностью дисциплины, преподающиеся в университетах. Это не большие науки, а подразделы, часто прикладные всякие - изучают не в общем и целом что-то, а более конкретный узкий аспект . Источниковедение, документоведение, материаловедение. И, в сравнении с "-логиями", они оформились и появились достаточно недавно.