С точки зрения этимологии разница в том, что логос - греческое слово, ведать - русское. Значение, в общем, одинаковое.
Разница в употреблении в основном из-за того, как исторически сложились слова. И Теология, и Политология - греческие слова. Про Логос я уже написал, Теос (бог)и Политикос (общественный) тоже греческие слова.
Религия и Регион слова не греческого происхождения, потому употреблять в них греческий корень лог было бы нелогично, т.к. слова более новые, то и корень к ним добавили более современный.
А по значению, например, теология и религиоведение - это абсолютно разные слова для разных явлений. Теология - это наука о боге, религиоведение - это наука о религиях.