Конечно колодец был. В мемуарах защитников крепости об этом говорится следующее.
Колодец находился в одном из помещений которое поляки использовали под конюшню. Среди частей РККА которые должны были дислоцироваться на территории крепости не предполагалось наличие кавалерии поэтому в этой бывшей конюшне устроили склад разнообразного хозяйственного инвентаря. После того как цитадель оказалась в блокаде кто-то вспомнил, что в этом складе было что-то похожее на колодец. Когда открыли крышку этого колодца то увидели, что он по самый край забит конским навозом …
Кстати, да. Где-то я то ли слышал, то ли читал, что она не рассматривалась как цитадель. А просто как склады + казармы.