Я очень долго хожу в одну и ту же кальянную, однажды задал подобный вопрос (к слову там все шланги из резины), на что получил закономерный ответ. Ребята после каждого курения кальяна тщательно моют эти шланги под тёплой, но не горячей водой со специальным средством.