При поступлении в ВУЗ дополнительно оценивается только аттестат с отличием. В этом году, например, за него даётся до 10 баллов к ЕГЭ. Все другие аттестаты абсолютно равны - и с парой четвёрок, и с одними тройками - на них просто никто не смотрит.
Когда я поступал (4 года назад), то вообще не смотрели. Хотя, насколько я знаю, если у двух людей одинаковые баллы по ЕГЭ, приоритет отдавался человеку с наилучшим аттестатом. Короче, не думаю, что это играет большую роль.