Если у вас полупроходной балл, то нужно же как-то отсеивать. В этом случае выбирают по оценкам (так в ЮФУ). Если же у вас твёрдый проходной балл, то аттестат не имеет значения. Имеют значение только вступительные баллы (ЕГЭ, тестирование или экзамены).
Когда я поступал (4 года назад), то вообще не смотрели. Хотя, насколько я знаю, если у двух людей одинаковые баллы по ЕГЭ, приоритет отдавался человеку с наилучшим аттестатом. Короче, не думаю, что это играет большую роль.