Да, сказывается.
У современных Li-Ion аккумуляторов есть такое понятие, как цикл зарядки. Он обозначает одну зарядку от 0 до 100%. Таким образом, роль играет то, насколько сильно разряжен ваш телефон перед началом зарядки. Если вы каждый день заряжаете телефон с 20% до 100%, то потенциальный ущерб от этого будет больше, чем от каждодневной зарядки с 60% или несколькими подзарядками в течение одного дня.
Но, как правило, количество циклов в запасе нового аккумулятор достаточно большое (около 1000), чтобы не беспокоиться о таких проблемах. Но если вы берете б/у телефон, то лучше проверить состояние аккумулятора с помощью специального софта.