Всякий слив-налив теплоносителя приводит к резким изменениям кислотности, появлению разницы потенциалов в системе и т.д. То есть, в идеале, один раз заполнили систему и оставили. Но вода должна быть подготовленной, не кислотной, не щелочной, нетральной. А в самой системе должны применяться трубы и другие комплектующие из одного и того же металла с одинаковым составом, чтобы не было биметаллических соединений иначе возникнет разница потенциалов. Более-менее подробно система автономного отопления и ее основа - система автономного газоснабжения на сжиженном газе - описана тут https://szhizhennyj-gaz.ru/ в разделе Статьи.
Тогда лучший вариант - это дистиллированная вода
сливать воду из котла и из системы нельзя и менять её не стоит, и осадка в системе не прибавится, а если менять воду осадка будет намного больше
Нет, систему отопления нельзя держать опорожненной. Как только заканчивается отопительный период, ее промывают, испытывают на прочность и заполняют теплоносителем.