Почтовые серверы используют различные правила для определения является ли письмо спамом или нет. В такие правила входят:
DKIM (https://ru.wikipedia.org/wiki/DomainKeys_Identified_Mail)
PTR-запись. В данном случае ничего делать не надо т.к. Яндекс сам занимается этим.
Также происходит проверка самого тела письма, оно должно правильно оформлено и содержать малое количество спамового текста. К сожалению, многие сервисы используют свои правила определения спама и в большинстве случаев эти правила являются тайной.
Для проверки письма можно воспользоваться сервисом mail-tester, который покажет рейтинг письма и места, которые можно исправить.