Каждая квартира 3 года должна быть в собственности чтобы не платить налог. Не 5 лет, а 3 года, т.к обе были приобретены до 2016 года. Налога при продаже не возникнет!
В вашем случае, чтобы не платить налог с продажи квартиры нужно иметь срок владения квартирами не менее 3 лет. Если право собственности возникло с 01.01.2016 года, то не менее 5 лет.