Всё зависит от объектов. Некоторые акварели и графика, совершенно точно страдают от света, страдают и сами краски и материал на которые они нанесены. И такие акварели и графика бывают выставлены в витрине, которая закрывается тканью. То есть и от обычного света они тоже закрыты. Например, такие витрины есть в залах Русского музея. )
А каким-то объектам, конечно, вспышка и не вредит.
Фотографирование без вспышки ничем не отличается от рассматривания вещи глазами. Отражённый от экспоната свет фиксируется не сетчаткой наших глаз, а матрицей фотокамеры.