Да, подлежат, в порядке, предусмотренном ст. 139 НК РФ.
Апелляция подается в вышестоящий налоговый орган, но через налоговый орган чьё решение обжалуется. То есть жалоба направляется в адрес налогового органа вынесшего оспариваемое решение, и именно он направит ее в вышестоящий налоговый орган.