Банально, бюджетникам (от слова бюджет, кстати) платит государство, по этому оно же и устанавливает размер зарплаты, проводя индексации. Работникам коммерческих предприятий зарплату платит бизнес, на который они работаю. По этому во втором случае вопрос индексации зарплат остается только на совести работодателя.