Потому что Вселенная достаточно старая (около 13,7 млрд лет, в каждых источниках по разному) и расширяется она со скоростью света и возможно даже больше, чем скорость света. То есть каждую секунду Вселенная становится на 300 000 и более километров. Расширение большей, чем скорость света не противоречит Общей теории относительности. И по законам термодинамики, все элементы во Вселенной пытаются равномерно заполнить её пространство. Поэтому и большие расстояния.
Пространство между электроном и ядром заполнено электрическим полем, а насчет сил микро и макро, ты Вы загнули.