Заповедь "не убий" с самого начала являлась вынесенной за скобки по отношению к военным действиям и самообороне, а также по отношению к исполнению закона. Скажем так, категория "убийство" - это совершенно специфический феномен, который с вышеперечисленным совершенно не связан. "Убийство" в контексте заповеди - это вероломное и безосновательное с точки зрения Закона уничтожение беззащитного человека с целью собственного обогащения, в гневе, и ещё как-либо. Сопутствует этой заповеди завет о побиении камнями нарушителя Закона, трансляция принципа "око за око", рассказ о военных победах израильтян, в общем все то, что мы сейчас также типологически присоединяем к категории убийство, на основании того, что это те или иные действия, влекущие за собой смерть человека. Таким образом, при анализе этой заповеди необходимо помнить, что речь идёт о разных понятиях об убийстве. Что касается Христианства, то здесь собственно и вносится понимание об универсальной ценности жизни каждого человека, и транслируются и принципы ветхозаветного общества (см. слова Иоанна Крестителя к воинам), потому что от людей нельзя требовать совершенства сразу. В общем, действительно есть коллизия между пониманием о невозможности убийства и представлением о необходимости защитив родины, близких и т. д. В целом, она разрешается апелляцией к совести, ведь человек отказавшийся защищать свою страну, теоретически, может ощущать себя виновным в смерти своих соплеменников. Что касается самообороны, здесь важно, что у человека нет изначального стремления убить, что собственно и является грехом. Конечно, лучше проявить смирение, стать "страстотерпцем" подобно святым князьям Борису и Глебу и святому императору Николаю I I (между прочим, наиболее почитаемый на Руси подвиг), но вряд ли уместно требовать этого от всех.
Не люблю Кураева, но в целом он прав в этом вопросе.