Ну если очень просто, то разработчики в те времена не могли адекватно реализовать возможность плавания, что было и у Альтаира из серии игр про Кредо Убийц, но там потом все объясняли багами в Анимусе, а вот про GTA 3 подобного объяснения не было. Можно сказать, что Томми просто не научился плавать.
Томми был в GTA: Vice City